芙蓉海域水質清暢、溫度適宜，適合藻貝孳生，在馬祖蝦皮盛產的40、50年代，這裡是重要的產地，據說早年芙蓉澳兩側山邊魚寮連棟，各業興旺。

民國70年代水產試驗所成立，在此處進行海洋調查、培育高經濟魚類和加工試驗。隨著軍管時期進入尾聲、馬祖觀光逐漸興起，芙蓉澳口所擁有的天然優勢，一躍成為馬祖最大的淡菜養殖區域。水試所於民國108年轉型成藍眼淚生態館，結合海洋大學的技術培養藍眼淚，讓遊客們在四季皆能體驗到藍眼淚的魅力，也展現馬祖海洋文化的豐富性。